Появление Детского симфонического оркестра атомных городов как творческого коллектива стало логичным продолжением Музыкальной академии атомных городов, которая проходила в городах атомной отрасли под патронажем Юрия Башмета на протяжении трёх лет - с 2018 по 2020 год.
Музыкальная академия – это комплекс образовательных мероприятий для одарённых детей, состоящий из мастер-классов, уроков и лекций выдающихся деятелей в сфере музыкального искусства, а также концертных выступлений педагогов и участников. Академия проводилась с целью выявления и стимулирования развития одарённых детей и творчески перспективной молодёжи.
Первая музыкальная академия атомных городов под патронажем Юрия Башмета прошла в октябре-ноябре 2018 года в Новоуральске и Снежинске и была организована совместно программой "Территория культуры Росатома" и "Русским концертным агентством". В ней участвовали около 100 одарённых детей и их преподавателей из 19 атомградов. Наиболее ярко проявившие себя юные музыканты в феврале 2019 года отправились на Зимний международный фестиваль искусств Юрия Башмета в Сочи и приняли там участие в Международной музыкальной академии.
Осенью 2019 года Музыкальная академия получила продолжение, став одним из самых заметных событий культурной жизни не только Снежинска, но и почти двух десятков других атомградов. В том году около 80 юных дарований и их преподаватели съехались в Снежинск, чтобы перенять бесценный опыт из рук маститых исполнителей и педагогов. Наставниками юных музыкантов стали преподаватели из Музыкального училища имени Гнесиных, Московской консерватории имени П.И. Чайковского, Санкт-Петербургской консерватории имени Н.А. Римского-Корсакова.